El territorio muisca comprende los departamentos de Cundinamarca, Boyacá y una parte del sur de Santander. El clima varía desde el frío implacable del ventoso páramo de Sumapaz, pasando por planicies templadas, hasta los primeros contrafuertes de la Sierra Nevada del Cocuy. El eje central de la región es el altiplano cundiboyacense, conformado por una sucesión de planicies, valles y elevaciones, y surcado por abundantes fuentes de agua que corren por ríos y quebradas o se depositan en cientos de lagunas, pantanos y humedales
El agua y el tectonismo han sido los elementos decisivos en el modelado del paisaje. Todas las planicies mayores son lechos de antiguos lagos pleistocénicos nivelados por la lenta sedimentación en el curso de decenas de miles de años la más joven de estas planicies es el Valle de Hunza - Tunja, dónde se asienta la ciudad del mismo nombre y capital regional. En la actualidad, esta región es la de mayor densidad de población en toda Colombia, y todo parece indicar que también lo era en el momento de la conquista española. Las dos principales ciudades de este territorio son Bogotá, capital de Colombia, y Tunja, capital del departamento de Boyacá. Ambas ciudades fueron originalmente fundadas por los muiscas aproximadamente 500 años antes de la llegada de los europeos.
